अंतर्गत मतभेदांमुळे शांतारामांनी १९४२ मध्ये प्रभात कंपनी सोडली आणि स्वतःची ‘राजकमल कलामंदिर’ ही चित्रपट कंपनी सुरू केली. ‘राजकमल’ने निर्माण केलेला ‘शकुंतला’ हा पहिलाच चित्रपट खूप गाजला. १९४२ ते १९७० या २८ वर्षांत ‘डॉ कोटनीस की अमर कहानी’, ‘दहेज’, ‘झनक झनक पायल बाजे’, ‘दो आँखे बारह हाथ’, ‘नवरंग’, ‘गीत गाया पत्थरोंने’ इत्यादी २९ चित्रपट ‘राजकमल’ने प्रदर्शित केले. यापैकी १९ चित्रपटांचे दिग्दर्शन शांतारामांनी केले होते आणि ४ चित्रपटांत त्यांनी भूमिका केल्या होत्या. त्यांनी केलेली डॉक्टर कोटणीस यांची भूमिका प्रचंड गाजली. १९७० ते १९८३ या १३ वर्षांत; वयाच्या सत्तरीनंतरदेखील शांतारामांनी ९ चित्रपट निर्माण केले. त्यापैकी चार चित्रपटांचे दिग्दर्शन त्यांनी स्वतः केले. ‘जल बिन मछली नृत्य बिन बिजली’, ‘पिंजरा’ यासारखे अजरामर चित्रपट त्यांनी या काळात केले. ‘जल बिन मछली नृत्य बिन बिजली’ या चित्रपटातील गाणी ‘स्टिरिओ रेकॉर्डिंग’ पद्धतीने ध्वनिमुद्रित करण्यात आली. स्टिरिओ रेकॉर्डिंग केलेला हा पहिला भारतीय चित्रपट ठरला.
‘राजकमल’मध्येदेखील शांतारामांनी अनेक सामाजिक चित्रपट काढले. ‘जीवन यात्रा’मध्ये श्रमजीवी वर्गाच्या शोषणाविरुद्ध लढा चित्रित केला, तर ‘दहेज’ मध्ये हुंडा पद्धतीच्या विरोधात आवाज उठवला. ‘अपना देश’ आणि ‘तीन बत्ती चार रास्ता’ मध्ये भाषावार प्रांतरचनेचे दुष्परिणाम आणि हिंदी राष्ट्रभाषा व्हावी म्हणून प्रचार केला. ‘दो आँखे बारह हाथ’ मध्ये गुन्हेगारांच्या सुधारणेचा विषय लोकांसमोर मांडला. शांतारामांची सांकेतिक दिग्दर्शन शैली ‘शांताराम टच’ म्हणून प्रसिद्ध होती. प्रभातचे ‘माणूस’, ‘पडोसी’, तर राजकमलचे ‘दो आँखे बारह हाथ’, ‘पिंजरा’ या चित्रपटातील त्यांचे ‘सांकेतिक दिग्दर्शन’ अजरामर झाले.